だいぶ前の話ですが、doxygen 1.5.2 を cygwin 環境でコンパイルできない問題を解決するパッチ を doxygen 本家の bugzilla にバグレポートとしてあげていました。
(バグレポートはこちら)

それが数日前にやっと doxygen コミッターにアサインしてもらえたようです。

Comment #1 from Dimitri van Heesch 2007-07-24 16:57 UTC
Fixed should already by included in the latest CVS update.

そして、先ほど doxygen 1.5.3 でリリースする旨のメールが来ました。

Comment #2 from Dimitri van Heesch 2007-07-27 09:22 UTC
This bug was marked ASSIGNED and as a result has been moved to the FIXED state
with the release of 1.5.3, since I believe the bug has been fixed in this
release. I kindly ask you to verify this and reopen the bug should this not be
the case.

確認してダメだったら reopen してね、だそうです。

あとは 1.5.3 のリリース待ちです。